铃木园子的叔叔次郎吉不甘心失败，决定再次向怪盗基德发出挑战。这位坏女班主任晚上让我随便摸脾气的大叔斥巨资制造了巨型的飞船贝尔·雪利二世号，并以镶嵌有名贵宝石“天空的贵妇人”的戒指作赌注，邀请基德前来挑战，看他能否在东京到大阪的这6小时无翼漫画鸟时间内完成这项困难的任务。柯南、小兰等人理所当然也接到邀请，甚至电视台的人也兴师动众前来。随着时间的流逝，双方的对决悄悄展开。另一方面，恐怖组织红色暹罗猫也登上了飞船。此前不久，红色暹罗猫袭击了国立东京微生物研究所，并盗湛怎么读走一种致命的病毒。
　　本片根据青山刚昌的同名漫画改编，是该动画的第14部剧场版。